Le scoperte effettuate da R. Perini indicavano il Lavagnone come uno dei siti fondamentali per la conoscenza dell'età del Bronzo non solo in Lombardia, ma in gran parte dell'Italia settentrionale. La necessità di compiere verifiche più approfondite e le grandi potenzialit? di una sequenza stratigrafica come quella venuta alla luce nel settore I erano motivi più che sufficienti per consigliare una ripresa degli scavi. Inoltre le palafitte del Lav. 2 e 3 potevano offrire i campioni idonei per la costruzione di una curva dendrocronologica in connessione con livelli archeologici riferibili con certezza alle fasi iniziali dell'antica età del Bronzo.

Una prima ricognizione nel 1989 è stata volta a identificare il settore I di Perini, in prossimit? del quale, nel 1991, sono iniziate le ricerche (settore A), proseguite fino al 1999. Nel 1991 è stata effettuata anche una campagna di carotaggi per accertare l'estensione e la natura dei depositi archeologici per un tratto di quasi 200 m a partire dalla cascina verso il centro del bacino. Il settore A è stato progressivamente ampliato fino a inglobare completamente il settore I di Perini e a raggiungere le dimensioni di 90 mq. In seguito sono stati aperti un secondo settore, B, lungo la capezzagna a 70 m di distanza dal precedente e successivamente, in posizione intermedia un terzo settore, C, sempre lungo lo stesso allineamento, in modo da poter osservare la sequenza stratigrafica e la consistenza dei depositi archeologici lungo un asse NE-SW a partire dalla sponda nord-orientale fin verso il centro del bacino.

Inoltre, dal 1997, il Lavagnone è stato inserito nel programma per la realizzazione di una curva dendrocronologica valida per l'Europa mediterranea e sudalpina svolto in collaborazione con la Cornell University di Ithaca, N. Y., e coordinato dal prof. P. I. Kuniholm, dendrocronologo di fama internazionale. La presenza, infatti, di livelli torbosi ha assicurato l'ottima conservazione di palafitte e di strutture lignee da cui ottenere i campioni idonei per questa disciplina.

La sequenza di tipologie di strutture insediative individuata da R. Perini presso il settore I è stata confermata con la riapertura di nuovi scavi dell'Universit? degli Studi di Milano, ed è stata integrata con i dati derivanti dagli altri due settori di scavo.

Proprio grazie alla scelta di queste tre aree campione è stato messo in luce come l'abitato abbia interessato situazioni diversificate: una zona paludosa, episodicamente esondata, verso il centro del bacino ed un'area spondale posta ad una quota più rilevata e quindi più asciutta. I tre settori di scavo presentano sequenze culturali non perfettamente sovrapponibili: alcune fasi, infatti, sono attestate unicamente in una determinata area e pertanto si deve ipotizzare che si siano verificati periodici spostamenti dell'ubicazione delle abitazioni, dal centro del bacino all'area spondale, probabilmente a causa di fattori climatici ed ambientali. È per il momento difficile definire se esistessero contemporaneamente più nuclei abitativi, ubicati in punti diversi del bacino, e quale potesse essere il rapporto tra loro esistente, anche perché il bacino costituisce ancora oggi un serbatoio di informazioni in gran parte inesplorato. La comprensione del modello di occupazione attuato all'interno del bacino, e dei suoi cambiamenti durante le varie fasi cronologiche, rappresenta pertanto un obiettivo primario delle attuali ricerche, che non possono prescindere dall'impiego di analisi informatizzate, data l'esigenza sempre maggiormente avvertita di correlare in maniera il più possibile rapida ed efficace i dati relativi alle diverse aree di scavo.